云南省微生物發(fā)酵工程研究中心有限公司（簡稱工程中心）是根據(jù)國家中長期科技發(fā)展綱要和國家生物產業(yè)發(fā)展需求，為構建區(qū)域技術創(chuàng)新體系，提高技術創(chuàng)新能力，加大科技成果轉化力度，采用“產、學、研”相結合的方式，由工程中心與科研院校共同組建成立的具有法人資格的工程研究中心。
2008年12月經云南省發(fā)展改革委員會考核認定為云南批省級“工程研究中心”。2009年6月經國家發(fā)展改革委員會認定為“微生物菌種篩選與應用國家地方聯(lián)合工程研究中心”。工程中心在國家產業(yè)政策的指導下，與各級科研院所緊密合作，建立專業(yè)研發(fā)團隊，推進基礎研究、應用研究與產業(yè)開發(fā)整合，增強自主創(chuàng)新能力，為現(xiàn)代農業(yè)生產和農用微生物產業(yè)化發(fā)展提供科學依據(jù)和技術支撐，更好地服務于綠色、無公害、有機農業(yè)的可持續(xù)發(fā)展。
云南省微生物發(fā)酵工程研究中心有限公司占地102畝，設有微生物菌株基因工程改造技術平臺、微生物發(fā)酵工程及工程化驗證平臺、微生物菌種保藏中心等相關技術平臺。工程中心目前已經篩選了大量具有解磷、解鉀、抗病、促生長功能的微生物，并制成農用微生物菌劑產品，同時針對有機物料的定向快速腐熟進行腐熟菌劑的研制。應用微生物技術開發(fā)環(huán)境友好型微生物肥料、有機肥料及其他微生物產品，實現(xiàn)節(jié)約資源，促進節(jié)能減排，倡導綠色，保護生態(tài)，提高農產品性，促進農業(yè)可持續(xù)發(fā)展，實現(xiàn)有機廢棄物的綜合利用。同時持續(xù)進行科技成果轉化，增強自主創(chuàng)新能力，培養(yǎng)微生物工程方面和農業(yè)微生物運用領域的高水平技術人才，建成面向東南亞的先進微生物篩選和運用平臺。
工程中心于2013年建立質量、環(huán)境、職業(yè)健康管理體系，形成三個體系的整合型《管理手冊》（YWF-Q/E/O-SCA版），2013年5月通過新世紀檢驗認證工程中心的現(xiàn)場審核。并取得質量、環(huán)境、職業(yè)健康管理體系認證證書。
工程中心通過技術創(chuàng)新和科技研發(fā)，強化科研成果轉化、優(yōu)化產業(yè)結構，整合云南省優(yōu)勢生物資源，全力打造面向東南亞的先進微生物篩選和運用平臺，讓工程中心助推現(xiàn)代農業(yè)可持續(xù)發(fā)展的同時獲得長足的發(fā)展空間。