合理使用肥料既關(guān)系農(nóng)產(chǎn)品的產(chǎn)量問題，又關(guān)系農(nóng)產(chǎn)品的質(zhì)量及問題。無公害農(nóng)產(chǎn)品突出解決農(nóng)藥問題，優(yōu)質(zhì)農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)關(guān)鍵在于解決合理使用肥料問題。
所謂合理施肥是指建立在植物營養(yǎng)學(xué)基礎(chǔ)上，根據(jù)作物、土壤、肥料性狀確定肥料的使用量及合理使用方式，就是針對植物營養(yǎng)特性、土壤特性、作物生育期需要選擇肥料，堅持有機(jī)肥與無機(jī)肥相結(jié)合；堅持因土壤、因作物合理施肥；堅持缺素補(bǔ)素，平衡施肥；確定合理的輪作施肥制度，合理調(diào)配養(yǎng)分；采用合理的施肥技術(shù)，提高化肥利用率。
針對土壤特性選擇肥料，各地區(qū)的土壤類型差異很大，南方地區(qū)的紅壤、磚紅壤、黃壤、黃棕壤、棕壤呈酸性或微酸性，施用磷肥宜用偏堿性的鈣鎂磷肥；北方土壤黑鈣土、栗鈣土、灰鈣土、褐土等多呈堿性，施用磷肥宜用偏酸性的過磷酸鈣；連續(xù)施肥多年的大棚、老菜田一般呈逐步酸化趨勢，且鈣鎂元素缺乏，磷肥宜選用偏堿性的鈣鎂磷肥、磷礦粉等，既可調(diào)節(jié)土壤酸度，又可供應(yīng)鈣鎂元素；有鹽漬化特征的堿土、鹽土，尤其是濱海鹽土，可以施用磷石膏，施用鉀肥宜選用硫酸鉀。
針對植物營養(yǎng)特性選擇肥料， 植物種類、品種不同對養(yǎng)分需求不同，同一植物品種不同生育期、不同產(chǎn)量水平對養(yǎng)分需求數(shù)量和比例不同；不同植物對養(yǎng)分種類有特殊反應(yīng)；不同植物對養(yǎng)分吸收利用能力也有差異，選擇化肥品種應(yīng)根據(jù)作物營養(yǎng)特點(diǎn)來科學(xué)選擇。據(jù)研究，銨態(tài)氮肥與硝態(tài)氮肥對蔬菜硝酸鹽含量的影響沒有顯著差異，一般蔬菜是喜硝態(tài)氮的作物，氮肥宜選用硝酸銨、硝酸鈣等；鱗莖類蔬菜對硫肥，可以選用含硫較多的肥料，如過磷酸鈣、硫酸鎂、硫酸鉀等；十字花科的蔬菜對硼肥比較敏感，宜選用含硼較多的硼酸、硼砂等；鮮食性的瓜菜如西瓜、甜瓜以及茶葉等對氯毒害敏感，一般不宜選用氯化銨、氯化鉀等等含氯化肥；大白菜、番茄等易出現(xiàn)缺鈣癥狀（干燒心、蒂腐病等），宜用含有效鈣較多的過磷酸鈣和硝酸鈣；水果、茶葉則需要大量的有機(jī)肥。
針對作物生育期選擇肥料，作物生長的不同時期對肥料的吸收不同，因此，需要針對不同的生長時期選擇不同的肥料。種肥選用中性高濃度的復(fù)合肥料，拌種肥一般選擇專用性強(qiáng)的肥料；基肥可選用低濃度肥料，也可選用高濃度復(fù)合肥料；追肥多選用高濃度化肥如尿素、磷酸二銨，磷酸二氫鉀等；灌溉施肥及葉面噴肥時，要選用高濃度、易溶解、殘渣少的肥料如尿素、硝酸銨、磷酸二氫鉀及種類繁多的葉面肥等有機(jī)肥與化肥配合使用，增施有機(jī)肥對發(fā)展可持續(xù)農(nóng)業(yè)、無公害農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)更顯重要。研究表明，有機(jī)肥與化肥配合使用，有利于土壤有機(jī)質(zhì)更新，激發(fā)原有腐植質(zhì)的活性，提高土壤陽離子的代換量，有利于提高土壤酶的活性，增加作物對養(yǎng)分的吸收性能、緩沖性能和作物的抗逆性能；有利于協(xié)調(diào)氮素均衡穩(wěn)定、長效，提高氮、磷、鉀肥利用率，緩解施肥比例失調(diào)狀況；有利于改善農(nóng)作物品質(zhì)，提高蛋白質(zhì)、氨基酸等營養(yǎng)成分含量，減少蔬菜、水果等中的硝酸鹽、亞硝酸鹽含量。
選擇合理的施肥方法，蔬菜中硝酸鹽含量與蔬菜種類、品種、不同部位有關(guān)，又與施肥技術(shù)和環(huán)境條件有關(guān)。在育種方面，把低硝酸鹽含量作為育種目標(biāo)之一是有意義的；在施肥技術(shù)與環(huán)境條件方面，蔬菜中硝酸鹽含量與土壤中氮的濃度和氮的種類等有密切關(guān)系，土壤中氮濃度越高，蔬菜中硝酸鹽含量越高，尤其在后期。所以，施用氮肥宜早，且不宜過多。
發(fā)展專用、復(fù)合、特種肥，由于優(yōu)質(zhì)農(nóng)產(chǎn)品對土質(zhì)、肥料要求不同，更需要專用肥。例如，生產(chǎn)大蒜需要含硫較高的肥料，生產(chǎn)啤酒大麥需要減少氮肥的比例，生產(chǎn)500公斤水稻與900公斤水稻的配比是不同的。日本果樹施肥一般要進(jìn)行葉色診斷施肥措施，對癥補(bǔ)充肥料。而且除氮、磷、鉀肥外，還有各種鈣、鎂、硫肥、微量元素肥料等。肥料的專用化、復(fù)合化、多樣化是世界肥料發(fā)展趨勢。
另外，針對人體營養(yǎng)需要還可生產(chǎn)特種肥。據(jù)科學(xué)院、衛(wèi)生部、地質(zhì)部和國家環(huán)保局調(diào)查，有22個省市的部分和大部分地區(qū)缺硒，影響2．5億人的健康。有研究表明，施用含硒有機(jī)復(fù)合肥，可以提高食品硒的含量。在菜花上施用含硒有機(jī)復(fù)合肥，菜花中硒含量可達(dá)0．149mg/kg，是普通菜花含硒0．002mg/kg的75倍。
提高化肥使用效率，現(xiàn)在化肥使用量達(dá)4200萬噸，約占世界的30%左右，但當(dāng)前化肥利用率只有35%左右，與世界45%左右的水平存在較大差距。因此，改善現(xiàn)存的肥料生產(chǎn)結(jié)構(gòu)、改善施肥結(jié)構(gòu)、改進(jìn)施肥方式，合理使用化肥、提高化肥利用率尤為重要，特別是在當(dāng)前石油危機(jī)的情況下顯得更加迫切。